Изначально островок назывался Панорм, а в 298 году до нашей эры его заприметил Дмитрий (Деметрий) Полиоркет, сын одного из военачальников Александра Македонского Антигона I Одноглазого. В борьбе против Лисимаха Фракийского и Кассандра Македонского Дмитрий на этом островке построил крепость, чтобы закрепиться на Мраморном море, а сам остров назвал Антигон в честь своего отца.

С 823 по 829 годах на Антигоне томился в заключении константинопольский патриарх Мефодий. Самые яркие и драматичные страницы истории Принцевых островов связаны, пожалуй, с пребыванием здесь двух опальных патриархов – патриарха Константинопольского Мефодия, а затем его преемника – патриарха Игнатия. Житийные тексты в красках повествуют о том, что будущий патриарх Мефодий просидел в заключении в подземной тюрьме с конца 823 по весну 829 года: «Император [Михаил II Травл] велел бичевать блаженного бычьими жилами по лицу, а потом заточил его в тесной могиле, имевшей узкое отверстие, через которое ему спускали скудное продовольствие. Вместе с ним в подземелье были заточены два преступника, а снаружи приставлена неусыпная стража. Прошло немного времени, и эти двое умерли, не снеся зловония и темени подземного склепа, а также нестерпимой прожорливости вшей. Выжил один лишь этот благородный и сверхъестественно выносливый муж – Мефодий. Кто бы еще вынес полчища мышей, которые завелись в мертвых телах и докучали погребенному заживо Божию человеку. Этот упрямец потерял все волосы с головы, проведя в ужасном узилище пять лет». Правда, по другой версии, умер лишь один из разбойников, а у Мефодия хватило душевных сил, чтобы обратить второго к покаянию. Из данного текста не ясно, за что патриарх, известный своей праведной жизнью, и двое преступников заслужили одинаково суровое наказание. В юридических памятниках той эпохи также не предписывается строгое тюремное заключение в качестве наказания за какие-либо определенные преступления. Поэтому вызывает сомнение, что патриарх и обычные преступники могли оказаться в одной темнице. Впрочем, вполне возможно, что автор жития использует здесь стандартные клише, возможно, несколько преувеличивает ужасы заточения, дабы показать мученический венец подвижника. Другие источники рисуют условия заключения Мефодия несколько в ином свете. Сообщается, в частности, что его соратники в борьбе за иконы Феодор и Феофан «передали ему письмо через одного верного человека, рыбака, который прислуживал святому Мефодию в его нехитрых надобностях. По причине темноты его склепа он каждую субботу приносил ему лампадного масла на одну монету, и этого хватало на то, чтобы светить узникам в течение недели. Однажды рыбак заболел и не принес свою обычную порцию масла, но по молитве святого Бог восполнил недостачу». Во всяком случае, известно, что святые иноки-исповедники Феодор и Феофан Начертанные послали святому Мефодию приветствие в стихах, и узник, находясь в подземелье («запертый в гробовой пещере»), также ответил стихотворным приветствием. После многих лет заключения на Антигоне в регентство императрицы Феодоры Мефодий был освобожден и стал патриархом. Как сообщает Продолжатель Феофана, «тот, кто многочисленными трудами и подвигами в неприкосновенности соблюл добродетель, кто из-за длительного заключения в гнилости и грязи лишился волос, но от бога и царицы Феодоры обрел управление и власть над церковью. А был это великий Мефодий – неодолимый ревнитель церкви».

Таким образом, ссылка и заточение в склепе на островах не помешали ему не только выжить, но и поддерживать отношения со своими соратниками, писать стихотворные послания и даже вернуться к активной политической деятельности. 

В 842 году по распоряжению того же Феофила Мефодий был освобождён из своей темницы якобы для того, чтобы разъяснить некоторые моменты в Священном Писании, на что не оказался способным действующий патриарх Иоанн VII. В 843 году Мефодий был вновь избран на патриаршество.