Узник появился в крепости, по версии некоторых историков, 24 июля 1785 года. В истории России этот год запомнился Жалованными грамотами дворянству и городам. Местом содержания заключённого стал Пороховой погреб. В документах не указывали его имени, фамилии или прозвища, а называли “Безымянным”. Так наказывали за самые серьёзные преступления.

Восстание Пугачева настолько серьезно испугало Екатерину II, что после победы над восставшими, ареста и казни Пугачева, его семья была пожизненно заключена в Кексгольмскую крепость и провела в этих стенах около 50 лет. Содержалась семья из пяти человек в подвалах Круглой башни, что стали называть Пугачевской, с января 1775 года, сразу после казни Емельяна.

Формально царствовал первый год своей жизни при регентстве сперва Бирона, а затем собственной матери Анны Леопольдовны. Император-младенец был свергнут Елизаветой Петровной, провёл почти всю жизнь в одиночном заключении и уже в царствование Екатерины II был убит охраной в 23-летнем возрасте при попытке его освободить.

Шлиссельбургская крепость практически сразу после завоевания Петром 1 утратила военное значение, и ее казематы стали использовать как государственную тюрьму.

В Петропавловской Крепости под тюрьму использовали два объекта. Первоначально это был Трубецкой бастион. В первой четверти XVIII века казематы Трубецкого бастиона использовались как арестантские камеры Тайной канцелярии. В 1718 году здесь содержался сын Петра I царевич Алексей Петрович, обвинённый в участии в государственном заговоре, где он скончался (или был казнен) 7 июля 1718 года. Затем это была тюрьма Алексеевского равелина.

Достоверных исторических сведений о происхождении известной московской старицы-затворницы, подвизавшейся четверть века в Ивановском монастыре, нет. Нет документов, нет прямых и точных свидетельств, остается предание, однако вполне достоверное. Косвенные свидетельства говорят о ее знатном и высочайшем происхождении, а живые прямые и точные свидетельства указывают на ее жизнь в затворе. По словам монастырского причетника и московского купца Шепелева, старица Досифея была среднего роста, худощавая, но сохраняла на лице своем «черты прежней красоты; ее приемы и обращение обнаруживали благородство ее происхождения и образованность». Старица посещала только надвратный храм Казанской иконы Пресвятой Богородицы. Богослужение совершал ее духовник с причетником. В церковь она «выходила весьма редко и то в сопровождении приставленной к ней старицы. Тогда церковные двери запирались изнутри, чтобы никто не мог войти… К окошкам ее, задернутым занавесками, иногда любопытство и молва привлекали народ, но штатный служитель, заступавший место караульного, отгонял любопытных», – сообщает Снегирев. На содержание ее отпускалась особая сумма из казначейства; стол она могла иметь, если бы захотела, всегда хороший. Отсутствие имени затворницы в ведомостях о монашествующих того времени доказывает то, что о содержании ее были сделаны особые указания.

Революционерка Вера Фигнер — одна из немногих женщин, заключенная в Шлиссельбургскую крепость, она провела здесь 20 лет. За организацию покушения на Александра II ее приговорили к смертной казни, которая была заменена на пожизненную каторгу.

Достоевский был доставлен в Петропавловскую крепость в ночь с 23 на 24 апреля 1849 года из III Отделения собственной Его Императорского Величества канцелярии на набережной Фонтанки (совр. № 15) в сопровождении жандармского поручика. В «индивидуальных» каретах при жандармских офицерах, с интервалом в 10–15 минут, в крепость были отправлены тринадцать «главнейших виновников».

За каждым шагом семьи бдительно следили. Любой крик младенца Ивана Антоновича подробно описывался в доносах: “Играючи с собачкою, бьет ее по лбу, а как его спросят: “Кому-де, батюшка, голову отсечешь?” - то он отвечает, что Василию Федоровичу Салтыкову”. Доносили охранники и друг на друга.

3 декабря 1742 года Брауншвейгскую фамилию перевезли в Дюнамюнде, в январе 1744 года последовал указ о перевезении ее в Раненбург, причем ее едва не завезли в Оренбург, потому что капитан-поручик гвардии Вымдонский, которому поручена была перевозка, принял Раненбург за Оренбург. Когда членам фамилии объявили о выезде в Раненбург и что их рассадят в разные возки - мужа, жену и детей, то они с четверть часа поплакали, но вида сердитого не показали.