После восшествия на престол Павла I и принятия им титула протектора, а затем и Великого Магистра Мальтийского ордена Воронцовский дворец был предоставлен мальтийским рыцарям, которые были вынуждены искать убежища после захвата Наполеоном Бонапартом острова Мальта в 1798 году. В 1798 г. Павел I, будучи императором, принял титул Великого магистра мальтийских рыцарей. Он подарил Воронцовский дворец российской ветви Мальтийского ордена.

Над решетчатыми воротами дворца укрепили орденский герб - на красном фоне белый мальтийский крест. Дворец стали называть "замок мальтийских рыцарей".

В 1798-1800 годах по велению Павла I на территории дворцовой усадьбы были сооружены два храма: православная церковь и католическая капелла ордена мальтийских рыцарей - Мальтийская капелла. Здание Мальтийской капеллы возводилось по проекту архитектора Джузеппе Кваренги в стиле классицизма.

17 июня 1800 года архиепископ Могилёвский Станислав Сестренцевич освятил церковь. После смерти Павла I его преемник Александр I отказался от звания Великого Магистра ордена, сохранив титул его протектора. В 1803 году Александр I сложил с себя звание протектора, а в 1817 году было объявлено, что «орден в Российской империи более не существует».

Мальтийская капелла - кафедральный храм святого Иоанна Иерусалимского. Пристроена в 1799 году к главному корпусу со стороны сада. Фасад решен в виде четырехколонного портала.  Зал окаймлен с двух сторон коринфской колоннадой, на которую упираются своды потолка. Здесь хранились орденские драгоценности и кресло великого магистра. При жизни Павла I здесь регулярно проходили собрания ордена.

C 1810 по 1918 год в Воронцовском дворце размещался Пажеский корпус. Мальтийская капелла была сохранена как католический храм и открыта для посещений сотрудниками посольств и миссий, а также членов императорской фамилии.

В 1853 году здесь был погребён попечитель церкви герцог Лейхтенбергский, зять императора Николая I и самый высокопоставленный католик России. В заалтарной части капеллы был пристроен придел, под которым был устроен склеп. По воле супруги герцога, великой княгини Марии Николаевны, в приделе был воссоздан интерьер домовой молельной герцога, находившейся в Мариинском дворце.

C 1928 года здание Мальтийской капеллы использовалось учебными заведениями, размещавшимися в Воронцовском дворце, как клуб. Большая часть предметов интерьера капеллы и церковной утвари была передана музеям города.

В Мальтийской капелле неоднократно проводились ремонтные и реставрационные работы. Последняя реставрация церкви произведена в 1986—1998 годах. В конце 2002 года в капелле, отреставрированной по инициативе начальника Суворовского училища генерала В. Н. Скоблова, открылся Музей истории кадетских корпусов России.

Также Мальтийская капелла используется как концертный зал, в котором регулярно звучит органная музыка. Орган немецкой фирмы «Walcker» был установлен в капелле в 1909 году, а в 1927 году передан Малому театру оперы и балета. После восстановления здания Мальтийской капеллы в 1998 году КГИОП принял решение отреставрировать орган и перенести его на прежнее место. Перенос органа состоялся в ноябре 2004 года, а в декабре того же года инструмент был отправлен на реставрацию в Эстонию. Официальное торжественное открытие органа в присутствии губернатора Санкт-Петербурга Валентины Матвиенко и экс-президента Республики Мальта Гвидо де Марко состоялось 20 января 2006 года.

Храм имеет форму прямоугольника с цилиндрическим сводом. Два ряда колонн из искусственного мрамора делят внутреннее пространство капеллы на три нефа. Над боковыми нефами устроены хоры. Плоскости стен обогащены декоративными арками, скульптурами ангелов, мальтийскими крестами и гипсовыми гирляндами. Плафон церкви состоит из полуциркульных коробовых сводов, покрытых росписью, состоящей из растительных орнаментов и розеток, и гипсовыми гирляндами.

Алтарная часть представляет собой апсиду с колоннами, расположенными вплотную к стенам. В центре находится мраморный алтарь, за которым находился запрестольный образ Иоанна Крестителя (святого покровителя Мальтийского ордена) работы А. И. Шарлеманя, созданный художником в 1861 году. Справа от алтаря под балдахином стояло малиновое бархатное кресло гроссмейстера ордена. Слева под мраморной доской с надписью об основании и торжественном освящении церкви — кресло епископа и несколько табуретов. Здесь же перед алтарной преградой находились скамьи для посольства с бархатными подушками. В средней части зала находились 14 деревянных скамей с подушками, обтянутыми красным сукном.

Запрестольный образ находился в Мальтийской капелле до 1928 года, потом был передан в Музей религии и атеизма, а оттуда в 1932 году попал в Русский музей. Полотно хранилось в фондах Русского музея без подрамника и рамы, намотанным на барабан, в результате чего получило многочисленные повреждения. В феврале 2006 года руководство Русского музея приняло решение о передаче запрестольного образа в Мальтийскую капеллу на временное хранение. Реставрация полотна проводилось в мастерских Военно-исторического музея артиллерии, инженерных войск и войск связи. В сентябре 2007 года образ был возвращён на своё историческое место.

Сейчас попасть внутрь можно только с билетом на концерт.

Источники:

https://ru.wikipedia.org/wiki/Мальтийская_капелла

https://www.citywalls.ru/house2569.html