По завершении Северной войны в 1721 году Пётр I решил перевезти ботик из Москвы в Петербург. В 1723 году ботик торжественно прибыл в столицу. Поначалу для него в крепости был построен навес, но с 1728 года его хранили в казематах крепости. В 1761 году ботик Петра — «дедушку русского флота», как его стали называть, решено было перенести в небольшой павильон — Ботный дом. Правительствующий Сенат постановил построить его неподалёку от колокольни Петропавловского собора, на месте амбаров и сараев Канцелярии от строений. Проектирование павильона было поручено ученику М. Г. Земцова, архитектору Александру Висту.

И. Э. Грабарь упоминал первый проект Ботного дома, разработанный М. Г. Земцовым в 1732 году и считал его, ссылаясь на И. И. Пушкарёва, реализованным. В последующем эта версия не разрабатывалась и даже категорично отвергалась, но в самой постройке очевидны типичные для творчества М. Г. Земцова реминисценции стиля петровского барокко: характерные рамочные наличники с завитками, мелкая расстекловка окон, высокая кровля "с переломом" на голландский манер, пилястры тосканского ордера.

А. Ф. Вист представил на рассмотрение Правительствующему Сенату два варианта: классический и в формах петровского барокко. Второй вариант был утвержден Сенатом 10 [21] августа 1761 года.

Строительство началось в 1762 году и продолжалась пять лет, причем смета была превышена почти в два раза: с 3847 рублей 25 копеек до 6082 рублей 97½ копеек. В июле 1767 года императрица Екатерина II приказала перенести Ботик в новый павильон «без всякой церемонии». Архитектор не рассчитал размер проёма дверей, поэтому потребовалось разбирать проём и стены дома, чтобы занести бот в помещение.

В 1928 году ботик был перевезён в Петергоф, а в 1940 году он поступил в экспозицию Центрального военно-морского музея. Во время Великой Отечественной войны, в 1941 году в павильон попала зажигательная бомба, пожар удалось потушить, пострадали только конструкции крыши.

К 300-летию Российского флота была изготовлена копия «Дедушки русского флота» в натуральную величину. Это судно участвовало в морском параде на Неве 26 июля 1996 года, а с 1997 года установлено в Ботном доме. Первоначально на павильоне была установлена деревянная статуя Навигации, выкрашенная масляной краской. С 1891 года строение венчает терракотовая статуя скульптора Давида Йенсена. Фасад здания изначально был покрашен в серый цвет, в 1968 году его перекрасили в жёлтый.

Источники:

https://ru.wikipedia.org/wiki/Ботный_дом