В 1549 году в этот регион прибыли первые францисканцы-монах Лоренцо де Бьенвенида и монах Диего де Ланда, принадлежащие к провинции Сан-Хосе на Юкатане. Дизайн монастырского комплекса разработан архитектором Фраем Хуаном де Меридой. В 1553 году началось строительство, а в 1561 году его завершил монах Франсиско де ла Торре. В 1562 году, когда работы подошли к концу, и брат Диего де Ланда лично привез статую Непорочного зачатия из Гватемалы; таким образом, со временем Изамаль стал самым важным святилищем, посвященным Богоматери на Юкатане и пятым монастырем, построенным на Юкатане. Он был построен на вершине храма П'а'ап 'Джул Чаак или "Дома лучей", посвященного Замне. Верх пирамиды был разобран и материал от него и других сооружений майя был использован для создания насыпи высотой 12 метров над уровнем улицы. Монастырь стоит на верху получившейся платформы и вам нужно подняться наверх, чтобы попасть в атриум.

Доступ к главному входу осуществляется по пандусу. Под аркадами монастыря ищите строительные камни с безошибочно узнаваемым узором, похожим на лабиринт; они явно были взяты из более раннего храма майя. Атриум имеет прямоугольную форму и имеет площадь 7806 квадратных метров.

Он считается вторым по величине в мире после площади Святого Петра в Риме. С четырех сторон он окружен аркадой из 75 полукруглых арок; 26 расположены перед фасадом храма (восток), 25-на западе, 13-на севере и 11-на юге. В 1618 году были закончены галереи стрельчатой башни. Асимметричное распределение не видно на первый взгляд. Атриум с его галереями - самый важный элемент ансамбля. Он находится в задней части монастырского ансамбля. Есть четыре очень простых часовни для индейцев, которые стали частью галерей, составляющих аркады. Конструкция снаружи имеет контрфорсы и зубцы.

Нынешний фасад построен в конце восемнадцатого века. Это большая стена с пятью бойницами и башней слева. В центре большое окно. Теперь у него есть витраж с изображением Богоматери Исамальской, Покровительницы Юкатана. Есть аркада, которая также является частью фасада, а внутри нее находится каменная передняя часть XVI века в стиле эпохи Возрождения.

Крыша алтаря представляет собой двойной ребристый свод, а остальная часть нефа представляет собой крышу с выступающими стволами. В главном алтаре находится алтарь XVIII века в стиле барокко, посвященный Чистейшему Зачатию. В нем есть два корпуса, пристройка и пять улиц с картинами, на которых изображены сцены из жизни Иисуса. В верхней части изображена Коронация Девы Марии как Королевы Небес, а внизу-изображение Девы Пречистой Консепсьон, скульптуры, привезенной монахом Диего де Ландой из Гватемалы вместе с другой такой же скульптурой, которая была отправлена в Мериду.

В какой-то момент фрески 16-го века у входа в святилище были полностью закрашены. В течение многих лет они лежали скрытые под тонким слоем побелки, пока их не обнаружил ремонтный рабочий, который мыл стены.

Первоначальный алтарь церкви был уничтожен пожаром 16 апреля 1892 года, образ Мадонны в главном алтаре так же сгорел и церковные власти решили, что Мадонна, найденная в Мериде, должна быть перенесена сюда, чтобы заменить ее. Новый алтарь была построен в 1940-х годах. В задней части главного алтаря находится Камариньо-де-ла-Мадонна с полихромным алтарем со ступенчатыми колоннами. В центре пространство, посвященное Мадонне, хотя изображение находится в алтаре, который находится в церкви. Есть 19 картин со сценами из жизни Мадонны и два медальона. Должно быть, это произведение XVIII века.

Монастырь состоит из двух построек Нижный и Верхний монастыри. В первом, главном, есть внутренний дворик квадратной формы. У него низкий и высокий шпиль, с каждой стороны по три полукруглые арки, все из каменной кладки.

Вторая структура имеет прямоугольную форму, полукруглые арки с каменными колоннами скорее всего построенными в середина или конце семнадцатого века. У входа в монастырь есть настенные росписи XVI и XVII веков это сцены из жизни францисканцев.

На протяжении веков ансамбль претерпел множество перестроек. Среди них Арка атриума, соединяющая портал церкви, открытую часовню и монастырь; строительство Камариньо-де-ла-Мадонна; входы в атриум и последовательные реконструкции фасада. Изменения связаны с целью поддержания религиозного престижа этого места, которое было известно с до-испанских времен.

Верующие католики приписывают фигуре Пресвятой Девы в Исамале многочисленные случаи чудесных излечений. Она способствовала снижению частоты эпидемий чумы, вспыхивавших во времена колонизации полуострова. Некоторые считают, что, возможно, благодать, частично или полностью, исходит из самого места силы и из разрушенной пирамиды майя. Возможно, чудодейственная и мистическая сила этого места обусловлена несколькими факторами: фигурой Девы Марии, более ранним культом бога-врачевателя, наличием особенной энергии, умея ощущать которую майя разместили здесь свои пирамиды, и наконец, особым физическим полем, возникшим в результате многовекового поклонения и молитв.

В маленьком дворике слева от церкви посмотрите вверх и в сторону атриума, чтобы увидеть оригинальные солнечные часы, выступающие из края крыши. Небольшой музей в задней части здания посвящен посещению монастыря папой Иоанном Павлом II в 1993 году. Он привез с собой серебряную корону для статуи святой покровительницы Юкатана, Девы Изамальской.