Flytholmarna ute i vattnet är utmärkta häckningsplatser för fåglar. En av holmarna flöt iväg i oktober 1977, men flöt tillbaka igen. Stockholm stad har byggt en dämning för vattenreglering mot kärrmarken väster om sjön och därifrån rinner Långsjöns vatten vidare genom Kungens Kurva-området och ut i Mälaren vid Vårby. Dämningen är samtidigt en bro över till Stockholms sida av Långsjön.
Flytholmar, även kallade flyttuvor, uppstår oftast i reglerade sjöar som ligger intill myrmark. Det kan vara myr som lossnar från stränderna eller överdämd mark som flyter upp. De brukar oftast komma när man tar upp dämningen på våren efter islossningen. Flyttholmar är oftast 25-30 meter långa, men de kan bli upp till en hektar stora. Det är inte ovanligt att det finns flera flytholmar i en sjö. Flytholmar förekommer i, bland andra, sjöarna Sommen, Lundsjön-Dammsjön, Nimmern och Pirttijärvi. En del sjöar i Dalarna har så många flytande öar att det är svårt att navigera.
