Каменный остров, лежащий на севере Петербурга, с 1765 принадлежал великого князя Павла Петровича, наследнику престола и генерал-адмиралу флота. По его повелению в 1776 году на острове была начата постройка богадельни для моряков-инвалидов, героев Чесмы. Тогда же напротив богадельни была заложена по проекту Фельтена, занятого поблизости возведением дворца (автором которого был архитектор Старов), церковь в ложно-готическом стиле. В ее возведении участвовал каменных дел мастер Кьеза. Первоначально церковь предполагали освятить во имя апостолов Петра и Павла и в честь Чесменской баталии. Но освящение храма произошло 24 июня, в день Рождества Иоанна Крестителя. Следует отметить, этот день был также праздником масонов, к ложам которых принадлежал великий князь. Изящное сооружение, решенное с использованием готических форм, возвышалось в зелени парка. Основной объем церкви прорезан стрельчатыми окнами. Колокольня и круглый барабан завершались шатрами. Угловые части здания укреплены контрфорсами, которые венчались над карнизом небольшими шпилями. Кирпичные фасады не были оштукатурены. Стрельчатые окна выделены белыми наличниками. Во время позднейших перестроек открытый арочный проем под колокольней был заложен. Изменились очертания шатров. Барабан перекрыли коническим завершением, а колокольню - четырехскатным пирамидальным. Действующая православная церковь сейчас находится при Каменноостровском дворце. На каменном острове любили снимать дачу многие знаменитые деятели: Державин, Суворов и другие. Все они часто бывали в Иоанновской церкви, а Пушкин даже крестил там трёх своих детей.
Кирпичные стены здания прорезаны высокими стрельчатыми окнами (в них первоначально были витражи), колокольня увенчана острым шпилем, в интерьере устроены "готические" своды. Небольшой храм строился недолго, и уже 24 июня 1778 его освятил митрополит Московский Платон в присутствии Цесаревича, который финансировал строительство и очень любил эту приходскую церковь: управлял в ней хором, а 1 августа самолично участвовал в крестном ходе.
По воле Павла I, главы Мальтийского ордена, в декабре 1799 при церкви было основано мальтийское кладбище, через восемь лет - когда было закрыто и православное кладбище - перенесено на Смоленское.
В церкви были крещены дети Пушкина: в июле 1833 - Александр, в мае 1835 - Григорий, в июне 1836 - Наталья. В церкви хранилась икона святых Адриана и Наталии в богатом окладе, которой Екатерина II благословила Цесаревича на первый брак, а также пожертвованная Александром I Толгская Божия Матерь в золотом окладе, бывшая с ним в походе против Наполеона (подарок в 1812 фрейлины А. О. Смирновой). Очень интересными были круглая, ажурной резьбы иконка с изображением пророков и праотцев, древняя Иверская Божия Матерь в золотой ризе, большой образ "Христос на престоле славы", а также несколько крестов: резной из кипариса в серебряной оправе, один уникальный - из янтаря, другой из золота с частицей Животворящего Древа, украшенный драгоценными камнями и принадлежавший Павлу I. Вензель Павла красовался на многих церковных сосудах. Многие из ценных предметов в октябре 1917 были эвакуированы в Москву.
Церковь закрыта в конце 1937 и передана под мастерскую скульптору Крестовскому. Одно время здание хотели снести для перепланировки улицы. Иконостас после войны передан в Смоленскую кладбищенскую церковь. В 1960-е церковь переделана под спортзал военного санатория, занявшего Каменноостровский дворец.
В Покров 1990 возвращенная (официально - 10 июня 1991) церковь была освящена, и в ней возобновились богослужения.
Источники:
https://www.citywalls.ru/house860.html
https://dzen.ru/media/openspb/goticheskii-peterburg-cerkov-rojdestva-ioanna-predtechi-na-kamennom-ostrove-60f1460f1ce29d359d2d2205
https://ru.wikipedia.org/wiki/Церковь_Рождества_Иоанна_Предтечи_на_Каменном_острове